Sí, Puede! Se trata de una importante mejora de seguridad.
El safe mode limita a PHP para solo ser capaz de llevar a cabo acciones en archivos/carpetas de las cuales el propietario es el mismo a quien actualmente está ejecutando el proceso (normalmente es apache y los archivos en el espacio web están con otro propietario). Como los archivos normalmente están creados por la aplicación de Joomla! o por el FTP, la combinación de acciones de archivos de PHP y la capa FTP permiten a Joomla! operar incluso con el safe mode habilitado.